A Unidade de Gestão da Informação, Documentação e Arquivo (UGIDA) tem por missão assegurar o funcionamento dos fluxos da informação classificada e não classificada do EMGFA, assim como as respetivas estruturas de controlo e sistematização, compreendendo o Sub-Registo do EMGFA.
A UGIDA é chefiada por um capitão-de-fragata ou tenente-coronel.