O Estado-Maior Conjunto (EMC) assegura o planeamento, direção e controlo da execução da estratégia da defesa militar e o apoio à decisão do CEMGFA.
O EMC é chefiado pelo Chefe do Estado-Maior Conjunto (CEMC) que coadjuva o CEMGFA no exercício das suas competências, coordenando as atividades no âmbito da missão do EMGFA prevista no artigo 3.º do Dec. Lei N.º 19/2022 de 19 de janeiro, com exceção do emprego das Forças Armadas no cumprimento das missões e tarefas operacionais
O CEMC é um vice-almirante ou tenente-general, na direta dependência do CEMGFA, sendo, por inerência de funções, hierarquicamente superior a todos os oficiais do seu posto no EMGFA.