O Gabinete do CEMGFA é o órgão de apoio direto e pessoal ao CEMGFA e também presta apoio técnico e administrativo ao Conselho de Chefes de Estado-Maior.
O Gabinete do CEMGFA compreende ainda:
a) A Assessoria Jurídica, que tem por missão prestar apoio jurídico e contencioso, bem como conduzir os assuntos de natureza jurídica, no âmbito das atribuições e competências do EMGFA;
b) As Relações Públicas do EMGFA, que têm por missão assegurar as atividades de comunicação, informação e relações públicas do EMGFA;
c) O Protocolo, que tem por missão assegurar atividades protocolares e de cerimonial militar em que participa o CEMGFA;
d) O Posto de Controlo, que se destina a garantir a gestão e segurança da informação classificada sob responsabilidade do Gabinete do CEMGFA.
O Gabinete do CEMGFA é chefiado por um contra-almirante ou major-general, que depende diretamente do CEMGFA.