Unidade de Apoio ao Estado-Maior-General das Forças Armadas (UNAPEMGFA) tem por missão assegurar o apoio administrativo-logístico, de segurança e de proteção do ambiente aos órgãos do EMGFA, instalados no edifício sede, e a gestão dos recursos patrimoniais desses órgãos, dos gabinetes dos adidos de defesa e das missões militares no estrangeiro, com exceção do respeitante aos equipamentos associados às tecnologias de informação e comunicação.
A UNAPEMGFA é comandada por um capitão-de-mar-e-guerra ou coronel.