Ao Comando Conjunto para as Operações Militares (CCOM) incumbe assegurar o exercício, pelo CEMGFA, do comando operacional das forças e meios da componente operacional do sistema de forças, em todo o tipo de situações e para as missões das Forças Armadas, com exceção das missões no âmbito dos serviços de busca e salvamento marítimo e aéreo.
O CCOM, na prossecução das suas atribuições, exerce autoridade de coordenação sobre:
O Comando Operacional dos Açores;
O Comando Operacional da Madeira;
O Comando das Operações de Ciberdefesa (COCiber);
O Centro de Informações e Segurança Militares;
Os comandos de componente naval, terrestre e aérea.
O CCOM é dirigido pelo 2.º Comandante Operacional das Forças Armadas (2COMOP) e compreende:
O Estado-Maior do Comando Conjunto para as Operações Militares (EMCCOM);
O Centro de Operações Conjunto (COC);
O núcleo permanente da Força de Reação Imediata (FRI);
O núcleo permanente da Companhia Geral de Cooperação Civil -Militar (CGERCIMIC);
O núcleo permanente do Agrupamento Logístico Conjunto (ALC);
A Célula de Planeamento de Operações Especiais (CPOE);
O Centro de Avaliação, Certificação e Lições Aprendidas (CACLA);
A Unidade Nacional de Verificações (UNAVE);
A Unidade de Apoio ao Reduto Gomes Freire (UNAPRGF);
Os órgãos de apoio.
O 2COMOP coadjuva o CEMGFA no que respeita ao planeamento e condução das missões de natureza operacional.
O 2COMOP é um vice-almirante ou tenente-general, na direta dependência do CEMGFA, sendo, por inerência de funções, hierarquicamente superior a todos os oficiais do seu posto na estrutura operacional das Forças Armadas, no âmbito do planeamento e da condução de operações.